Il monastero fu fondato fondo Maura Dias nel 1280 per le monache klarissok. Il monastero non durò a lungo, e nel 1311 cessò di esistere. Nel 1316 la moglie del re Dinis, Regina Isabella di Portogallo, il monastero restaurato.

Regina Isabella del Portogallo chiamata anche "Regina" a causa della sua eccezionale pietà e la giustizia. La regina famosa anche per il loro buon carattere è basato ospedali, orfanotrofi e scuole. Dopo la morte del marito, il re Dinis, si ritirò nel monastero. E nel 1336 la regina morì e fu sepolto nel monastero nella tomba, decorata in stile gotico. Nel 1626, la regina Isabella fu canonizzato per la sua carità e buone azioni.

Il primo architetto del monastero era Domingos Domingues, noto per il suo lavoro sulle gallerie del monastero di Alcobaça. Ha continuato l'opera di questo architetto Estevao Domingues, che era famoso per il suo lavoro sulla cattedrale gallerie a Lisbona. Nel 1330 la consacrazione del tempio, e poi per la parte meridionale della chiesa fu costruito un monastero. Il monastero è molto spesso presentata donazioni in denaro e regali. Agli inizi del XVI secolo, la chiesa è stata decorata con piastrelle di Siviglia e nuovi altari installati.

Dal momento che il monastero e la chiesa furono costruiti sulla riva sinistra del fiume Mondego, poi un anno dopo l'edificio è stato invaso sulle banche delle acque del fiume. E per secoli il monastero allagato molte volte. A causa delle frequenti inondazioni del monastero non è stato possibile essere, e il re Giovanni IV ordinò di lasciare l'edificio e passare a un nuovo monastero - Monastero di Santa Clara-a-Nova, costruita su una collina non lontana dal vecchio edificio. La tomba con resti di Regina Isabella e le altre persone reali sono stati trasferiti al nuovo edificio.

Nel corso del tempo, l'antico monastero in rovina. Nel 1910 l'edificio è stato classificato come monumento di importanza nazionale, e alcune opere di ricostruzione sono stati effettuati nella prima metà del XX secolo.