L'edificio, che ospita il Museo di Arte Sacra, è stato costruito tra il 1537 e il 1538 un anno sulle fondamenta del palazzo di Inca Roca, a un isolato dalla Plaza de Armas a Cusco.

Durante il periodo dell'Impero Inca (Quechua Tahuantinsuyo - la più grande nazione indiana in Sud America secoli XI-XVI) in questo luogo era il Palazzo di Inca Roca, dove ha vissuto Khatun Rumiyok sovrano e la sua famiglia, ed era situato nella Fratellanza indiano di Panaca. Ora è possibile vedere nel centro della parete di pietra del blocco poligono edificio del museo - la famosa pietra di dodici angoli, che è stato utilizzato per la costruzione dei loro impianti Inca indiani.

Questo palazzo reale ha vissuto il primo vescovo del Perù Fray Vicente de Valverde, la sua diocesi si estendeva dal Nicaragua alla Terra del Fuoco, e dal Pacifico all'Atlantico. Poi è diventato di proprietà di Costa e Pablo Gallineto, marchese di San Juan Buena Vista, i cui resti sono sepolti nella cripta della chiesa di Santo Domingo de Cuzco. In seguito l'edificio divenne di proprietà della famiglia e la Contreras Kharaba, tende da sole Rokafuerte che erano mecenati di artisti locali. Nel 1948, monsignor Felipe Santiago Hermosa e Sarmiento, il primo arcivescovo di Cuzco, acquistato il palazzo a spese della diocesi. Nel 1957, dopo la ricostruzione, l'edificio divenne il palazzo dell'arcivescovo di Cuzco, Mons Carlos Maria Jurgens.

Nel 1966, l'Arcivescovo di Cuzco, monsignor Ricardo Durand Flores compiendo i primi passi per trasformare il palazzo in un museo di arte religiosa, che è stato inaugurato nel 1969 con il sostegno di Don José Orihuela Yabara. "Fondo di Jose Orihuela Yabara" passata sotto la proprietà della collezione del museo di 169 dipinti e avorio crocifisso, mobili e quadri di alto valore artistico. C'era anche consegnato un altare barocco dorato, che è stato installato nella cappella del Palazzo Arcivescovile.

La collezione del museo è costituito principalmente da dipinti di arte sacra di Cusco Scuola. È anche possibile stimare la classica architettura del periodo coloniale dell'edificio, a piedi attraverso il suo cortile circondato da portici e decorato con tessere di mosaico portati da Siviglia. Nel museo si possono vedere le opere di Juan Marcos Zapata e di altri pittori dell'epoca coloniale, così come dipinti dell'artista locale Diego Quispe Tito. E 'necessario prendere il tempo per ispezionare la cappella, decorata in stili diversi, e le sale del palazzo, con un incredibile moquette.