Nel centro di Heraklion, vicino al Museo Archeologico è un Museo della Battaglia di Creta. Il museo è stato fondato dal Comune di Heraklion nel 1994 e dedicato alla difesa di Creta e la resistenza popolare durante la Seconda Guerra Mondiale. Lo scopo del museo è quello di raccogliere, proteggere e la dimostrazione di cimeli storici 1941-1945 correttamente, così come la documentazione e la diffusione di informazioni sulla lotta del popolo durante la Battaglia di Creta e l'occupazione tedesco-italiano.

La mostra museo presenta migliaia di fotografie originali, dipinti e disegni della Battaglia di Creta e della resistenza popolare, circa 200 libri, monografie, saggi eventi storici dal 1941 al 1945, centinaia di documenti e articoli di giornale. Il museo presenta anche una serie di temi legati alla guerra: armi, forma, accessori vari, articoli casalinghi e molto altro ancora.

La maggior parte degli oggetti esposti copre la "Battaglia di Creta" maggio 1941. Questa battaglia è uno dei più grandi nella storia di impiego avionico seconda guerra mondiale ed è anche conosciuto come "Operazione Mercury". L'obiettivo principale degli invasori tedeschi erano lo spostamento del Regno Unito dal Mar Mediterraneo e l'istituzione di controllo strategico sul bacino del Mediterraneo. L'organizzatore della milizia popolare era un archeologo inglese che lavorava per i servizi segreti britannici, John Pendlebury. Nonostante le numerose perdite, i tedeschi hanno vinto la battaglia.

Il museo dispone di un proprio centro di ricerca, dove il personale sono incentrate sulla raccolta di materiali d'archivio di guerra provenienti da diversi paesi (1940-1945) e la loro traduzione. Le attività del museo è lo scopo di attirare l'attenzione delle giovani generazioni nella storia del popolo di Creta e la consapevolezza del potere distruttivo della guerra.