Chiesa di San Sebastiano si trova su una collina, vicino al mercato del pesce, nella parte settentrionale della città vecchia di Lagos. Da questa posizione offre una splendida vista panoramica sulla baia. La chiesa è considerata una delle chiese più antiche e più belle della città.

Anche prima che la chiesa fu costruita in questo luogo nel 1325 era una cappella dell'Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria. Nel 1463, il vescovo João de Mello ha fatto che in questo luogo fu costruita una chiesa. Nel 1490, per ordine del re di Portogallo, Don João II, siamo stati ancora una volta condotto lavori di ricostruzione, e la chiesa è stata estesa. Dopo di che, la chiesa fu consacrata come la Chiesa di San Sebastiano (chiesa di San Sebastiano). Purtroppo, come è accaduto con molti edifici storici in Portogallo, la chiesa fu praticamente distrutta durante il terremoto di Lisbona del 1755. La chiesa è stata restaurata, e due secoli dopo, la chiesa fu nuovamente distrutta da un terremoto che si è verificato nel 1969. Nel corso del tempo, la chiesa fu nuovamente restaurato.

All'interno della chiesa di tre navate separate da colonne doriche. L'altare maggiore della chiesa originale risale al XVI secolo. Altare consiste di quattro pannelli. Si prevede che questi pannelli hanno creato uno dei più famosi artisti di Algarve, XVI secolo Alvaro Dias. La chiesa ha mantenuto il vecchio piano della città. Nel 1828, la chiesa ha una torre con una campana.

Nel 1924, la chiesa di San Sebastiano è stato classificato come monumento di importanza nazionale.