Inizialmente, il sito del palazzo di Ajuda era una struttura in legno costruita per la famiglia reale, che ha deciso di trasferirsi qui dopo il terremoto del 1755. Questo edificio è stato chiamato anche "Reale baracca" o "Palazzo di legno." Un incendio distrusse nel 1795, e al suo posto è stato costruito un palazzo in pietra.

L'edificio ha cominciato ad essere costruita dall'architetto Manuel Sita de Souza, che stava progettando di farlo nel tardo barocco - rococò. Un po 'più tardi, la costruzione continuò architetti José da Costa e Francisco Xavier Fabri, ma l'edificio è stato costruito in stile neoclassico. Costruzione continuò fino al 1807 e non era finito. Il palazzo è stato catturato dalle truppe napoleoniche e la famiglia reale fu costretta a lasciare il Portogallo e rifugiarsi in Brasile. Costruzione procedeva lentamente, a volte interrotta, cambiato l'aspetto palazzo in considerazione del fatto che in ciascuna fase della costruzione era altro architetto. Nel 1826 il palazzo divenne di nuovo una residenza reale. Nel 1910 il palazzo è stato chiuso dopo la proclamazione della Repubblica e ha aperto come museo nel 1968.

Il museo ospita una magnifica collezione di opere d'arte del XV e la fine del XX secolo. Sale del palazzo sono arredate con mobili in stile Luigi XV, arazzi e statue. Nel palazzo di un sacco di oggetti stravaganti d'arte decorativa. Una tale abbondanza di lusso è stato il risultato di ricchezza senza precedenti nel XVIII secolo, quando per la prima volta in Brasile sono stati scoperti i diamanti. Il mozzafiato Winter Garden, Sala da ballo, camera Ambassador, così come banchetti e Sala del Trono.

Fino ad ora, il palazzo è utilizzato dal governo del Portogallo per le cerimonie ufficiali.