Nella storia del Giappone è stato un tempo in cui i governanti hanno favorito la diffusione del Cristianesimo, e periodi in cui ha portato dalla dottrina oltreoceano si sono dimostrati in disgrazia, ei suoi seguaci furono perseguitati. Nei secoli XV e XVI, il cristianesimo si diffuse rapidamente nelle isole dell'arcipelago, ma alla fine del XVI secolo è stato vietato, e il popolo giapponese praticata di nascosto. I residenti di Nagasaki furono costretti ogni anno per dimostrare che non sono cristiani. Per fare questo hanno offerto di violare l'immagine di Gesù Cristo e Madre di Dio, e questo rituale, hanno dovuto passare fino alla metà del XIX secolo. In generale, il cristianesimo è stato vietato in Giappone da tanto quanto due secoli e mezzo, in questo periodo furono giustiziati, torturati o deportati migliaia di persone che professano la religione.

5 Feb 1597 a Nagasaki sono stati pubblicamente giustiziato per l'opera missionaria di 26 persone, tra cui 20 giapponesi, quattro spagnoli, così come messicano e indiano. Con ordinanza del shogun allora regnante Toyotomi Hideyoshi arrestato cristiani sono stati torturati, poi mettere a Nagasaki e fu crocifisso sulla croce eretta su una collina Nisidzaka. Dopo l'esecuzione delle vittime è diventato martiri come santi leggere e riconoscere le diverse passatempi. Cento anni dopo la canonizzazione nel 1962 su una collina aperto un monumento e museo. 6 febbraio La Chiesa cattolica in Giappone celebra loro memoria.

Il museo contiene importanti documenti storici portati da Europa e composte in Giappone, periodo di opere d'arte del primo cristianesimo in Giappone. Mostra cronologicamente conoscere ai visitatori con il periodo del primo cristianesimo, a volte la persecuzione dei cristiani e la vita dei cattolici segreti nel periodo di stato di autoisolamento.

Allo stato attuale, il cristianesimo è la terza delle principali religioni in Giappone dopo il buddismo e shintoismo. All'inizio del XXI secolo, ci sono stati circa 2, 5 milioni di cristiani, per lo più cattolici.