Zoo e il Museo di Scienze Naturali a Spalato sono stati donati alla città a causa dell'inizio del XX secolo, diverse collezioni naturali preziose. Professor Umberto Dzhirometta nel 1923 ha sollevato la questione della creazione del Museo di Storia Naturale. Il consiglio comunale di Spalato ha preso la questione per la revisione e nel 1924 fondò il primo museo e Dzhirometta divenne il suo leader fino alla sua morte nel 1939.

Nei primi anni della sua esistenza, il museo era situato in uno degli edifici comunali nel centro della città. Presto lo spazio non era sufficiente, e il museo fu trasferito a uno degli edifici del parco Marjan. Insieme con il museo aperto un piccolo zoo, che rappresentano alcune specie di animali autoctone ed esotiche. Per la prima nella ex Jugoslavia Acquario accanto all'edificio del museo è stato costruito uno spazio aggiuntivo. Diversi anni dopo, l'Oceanario era chiuso e trasformato in una piccola gabbia. Oggi in Zoo di Spalato ha oltre 300 specie di animali.

L'edificio nel parco Marjan sulle ostilità nel 1991 è stata chiusa per motivi di sicurezza. Poi, il museo si trasferì nel Gripe fortezza, e dopo il 1997 tornò a Marian. Dopo il 2000, su richiesta dei lavoratori alle esigenze del Museo è stato assegnato un nuovo spazio, con una superficie totale di circa 1156 metri quadrati, in cui il Museo ha iniziato a lavorare nel gennaio 2002.

Prima dell'apertura del nuovo direttore del museo è stato riorganizzato collezioni museali e raccontato molte nuove esposizioni (ad esempio, la raccolta di animali e uccelli impagliati, il dipartimento di geologia e paleontologia, entomologia, Dipartimento di vertebrati e invertebrati, etc.). Sono stati inoltre effettuati lavori sul trattamento e sistematizzazione dei reperti, lavoro sul campo nella parte centrale della Dalmazia, numerose mostre al museo e al di fuori di esso. Inoltre, il personale del museo coinvolto in numerosi convegni scientifici.

Al piano terra del museo ospita una serie di mostre, e sugli altri piani ospitare l'esposizione permanente. Chiunque può acquistare i materiali aggiuntivi museo sulla storia del museo e la storia naturale locale.