Un'antica leggenda racconta che nel 1364 nobile lituano di nome Goshtautas invitata a 14 frati francescani e ha dato loro casa in modo che potessero stabilirsi nel paese. Quando Goshtautasa sinistra, tutti i monaci sono stati uccisi. Qualche tempo dopo, il nobile Invita frati francescani. Nuovi monaci si insediarono in un altro luogo, e il posto dei monaci assassinati, ha costruito una chiesa, così chiamata in onore della Santa Croce.

Nel 1524 la chiesa bruciata. Nel 1635 in questo luogo si stabilì sacerdoti Bonifratrzy. Hanno iniziato il loro lavoro con, costruirono una nuova chiesa di Santa Croce, istituito presso il monastero di lo stesso nome e aperto presso l'ospedale monastero. Più tardi, l'ospedale trasformato in un rifugio per i malati di mente. Chiesa cattolica è stata Goshtautasa assegnato dai locali del monastero. Gestito l'ospedale psichiatrico qui fino al 1903, quando è stato spostato nel nuovo edificio costruito appositamente per l'ospedale psichiatrico.

Nel 1737 la chiesa è stata bruciata di nuovo. Nel 1748 la chiesa è stata ristrutturata, l'interno è stato completamente riparato, sei altari sono stati costruiti e installati Dipartimento Kost'ol'na stato costruito in stile barocco. Basta decorato facciata barocca e la costruzione del monastero. Anche se dopo il restauro degli esterni dell'edificio e ci sono stati elementi di rococò. All'interno del tempio si erge maestosa sopra le ampie arcate cruciformi camere in pietra. Interessante combinazione di elementi architettonici di barocco, rococò e neo-rococò.

Al tempio c'è una fonte, che è considerata miracolosa. Le leggende dicono che la fonte è apparso improvvisamente vicino alla statua dell'Immacolata Concezione. Questo è il luogo dove i monaci sono stati torturati francescani uccisi. Dicono che è particolarmente benefica acqua di questa fonte su pazienti affetti da malattie degli occhi.

Nella chiesa si trova anche una croce miracolosa, che è montata sopra l'altare maggiore. Sotto la croce è l'immagine della Beata Vergine Maria con Bambino. Presumibilmente, il quadro dipinto nel 17 ° secolo, ma sicuramente l'origine della pittura è sconosciuta. E 'anche classificato tra le creazioni miracolose. Una copia del dipinto miracolosa della Beata Vergine Maria col Bambino, in forma di affreschi è visibile sulla facciata principale della chiesa. E 'in virtù di un timpano ad arco, costruito nel 1737 tra le due torri laterali della chiesa.

Tra il 1914 e il 1924 nella chiesa ha tenuto un servizio speciale per gli studenti delle scuole lituane. In un'epoca in cui Vilnius fu occupata dalla Polonia, non sono stati condotti nel servizio tempio nel lituano yazyke.V Bonifratr 1843 Ordine fu abolito, e al posto del monastero rimasero solo la loro rappresentazione. Nel 1909 la chiesa fu di nuovo riparato. Alla fine della prima guerra mondiale, nel 1924, il vescovo Jurgis Matulaitis Bonifratr invitato a ritornare al monastero della Santa Croce. Il ritorno dei monaci nel monastero è stato di grande attualità. Hanno riparato la chiesa, erigendo sei altari lì. Hanno anche messo in scena al monastero un ricovero per gli anziani e la mensa per i "Caritas" bisognosi.

All'inizio della seconda guerra mondiale, i fratelli di Vilna sono state ritirate Bonifratrzy Ordine. Nel 1947, il monastero al riparo dalle suore della congregazione "dell'Immacolata Concezione della Vergine Maria". Tuttavia, essi sono dominate da breve durata. Autorità sovietiche chiuse nel 1949 e il monastero e la chiesa. Gli edifici del monastero si trovavano appartamenti residenziali.

Nel 1976, il tempio fu restaurato e sistemato in essa la Concert Hall di Vilnius Philharmonic, la cosiddetta "Sala Piccola del Barocco". C'erano concerti di musica d'organo.

Vilnius Arcivescovado tornati alle loro case solo dopo il cambio di regime nel 1990. Gli edifici del tempio e del monastero sono stati restaurati e trasferiti alle suore appena consacrati delle Suore Congregazione "Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria".