Università di Zagabria è la più antica non solo in Croazia, ma anche nel sud-est Europa. La data della sua fondazione ufficiale è considerato 23 settembre 1669, quando l'imperatore romano e il re ungherese-croato Leopoldo I emanato una legge che riconosce i privilegi e lo status delle università istituzioni educative della ex Gesuiti Academy, che operavano sul territorio di una città reale libera di Zagabria, l'ex capitale del Regno di Croazia e Slavonia. Questa data è l'inizio della storia dell'Università di Zagabria nella loro lotta per l'attuazione dei diritti di ricevute e di ottenere un posto di rilievo tra l'autorevole e rappresentativa delle università e accademie in Europa centrale.

Storia dell'Università di Zagabria nella sua forma moderna inizia con il vescovo iniziativa dzhyakovskogo e patrono di spicco del croato Josip Juraj Strossmayer, quando nel 1861 ha proposto di organizzare l'università quattro facoltà: medici, teologici, filosofici e giuridici. La proposta è stata esaminata da diversi anni, e nel 1874 il Parlamento croato ha adottato l'iniziativa e ha emesso un decreto "Sulla università." Nello stesso anno l'università ha cambiato il suo nome e divenne noto come l'università moderna di Zagabria.

Dal 1990 l'Università ha ricevuto maggiore autonomia, allo stesso tempo, ha cominciato l'adesione al processo di Bologna.